Dari penelitian Marzuki Wahid dkk (2000), pendidikan tinggi yang diselenggarakan Ma’had Aly tidak lebih dan tidak kurang seperti pondok pesantren dengan berbagai kultur dan tradisi yang melingkupinya. Hanya saja karena kekhususannya, dalam hal-hal tertentu Ma’had Aly di berbagai pesantren diberi fasilitas khusus, seperti asrama, ruang kelas, perpustakaan, dan sarana aktualisasi seperti penerbitan atau ceramah di luar pondok pesantren. Yang membedakan dengan yang lain adalah metode pembelajarannya, yang melibatkan santri sebagi subyek belajar, dan tingkatan kitab kuning yang dikaji relatif tinggi, serta cara mengkajinya secara lebih kritis.
Saat ini lebih dari 13 pesantren yang telah menyelenggarakan pendidikan model Ma’had Aly scara reguler, baik dalam arti institusional maupun substansial. Diantaranya adalah Ma’had Aly Al-Hikmah di Pesantren Al-Hikmah Sirampog, Brebes, Jawa Tengah, Ma’had Aly Salafiyah Syafi’iyah di Pesantren Sukorejo Asembagus Situbondo, Jawa Timur, Ma’had Aly Nurul Jadid di Pesantren Nurul Jadid Paiton Probolinggo, Ma’had Aly Hidayatul Mubtadi’ien Lirboyo, Kediri, Jawa Tengah, Ma’had Aly Sidogiri Pasuruan Jawa Timur, Ma’had Aly API Tegalrejo Magelang, Jawa Tengah, Ma’had Aly Mamba’ul Ma’arih Denanyar Jombang Jawa Timur, Ma’had Aly Darussalam Ciamis, Jawa Barat, Ma’had Aly Dar el-Tauhid, Arjawinangun Cirebon, Jawa Barat, Ma’had Aly Sunan Ampel Malang, Ma’had Aly al-Ihya’ Ulumaddin, Kesugihan, Cilacap Jawa Tengah, Ma’had Aly Al-Munawwir Krapyak, Yogyakarta, Ma’had Aly AJI Mahasiswa Krapyak Yogyakarta.
Lanjut